宇宙科学と地球科学の融合による新たな研究の開拓は、ISEE の重要な役割の一つです。このためISEE では、関連する分野の研究者と協力して多様な融合研究を強力かつ戦略的に推し進めるため、ISEE 所長のもとに「融合研究戦略室」を2022年8月に設置しました。融合研究戦略室は、これまでISEE が進めてきた融合研究と、各分野で行われていた専門研究の実績を基盤として、新たな研究戦略を学際的な視点から構築すると共に、ISEE が進めている多様な共同利用・共同研究プログラム及び関連機関との共同研究プロジェクトなどを活用しながら、関連コミュニティとの協力のもとでそれを実現するための主導的役割を果たします。
融合研究戦略室には、研究所長・副所長と共に共同利用・共同研究の基盤を担う3つの附属センター（国際連携研究センター、統合データサイエンスセンター、飛翔体観測推進センター）のセンター長及び、国際連携研究センターから実務を担う外国人教員１名を室員として配置しました。また、統合データサイエンスセンター、飛翔体観測推進センターと兼任して実務を担う特任教員2名を新たに公募し、2023年4月から着任しています。さらにこれらの戦略室所属教員に加えて、融合研究戦略室運営委員会を所内教員（基盤研究部より若干名）、関連部局（工学研究科、理学研究科、環境学研究科、情報学研究科、附属図書館、未来材料・システム研究所、博物館）の教職員、及び学外委員（運営協議会及び共同利用・共同研究委員会より各1名）で組織し、幅広い分野を包括した新たな融合研究の戦略策定を進めています。